1937 m. Bezdonyse Juzefo Pilsudskio lėšomis buvo pastatytas šiandieninės mokyklos medinis pastatas ir įkurta pradinė mokykla. Tai buvo 100-oji lenkiška mokykla iš projekto „100-tas lenkiškų mokyklų Vilniaus krašte“. 1939 m. Lietuvai atgavus Vilniaus kraštą, šioje mokykloje buvo pradėta mokyti lietuvių kalbos vaikus ir suaugusius.
Po antrojo pasaulinio karo Bezdonyse veikė mokykla, kurioje buvo mokoma lenkų ir rusų kalbomis. Septintame dešimtmetyje vietos lietuvių iniciatyva mišrioje mokykloje buvo įsteigtos lietuviškos klasės. 1990 m. kovo 11 d., Lietuvai paskelbus valstybės atkūrimą, susidarė sąlygos steigti savarankišką mokyklą lietuvių dėstomąja kalba. Taip 1992 m. sausio 1 d. senose pradinės mokyklos patalpose įsikūrė ir iki šiol veikia nuo mišrios mokyklos atsiskyrusi mūsų „Saulėtekio“ pagrindinė mokykla, kuriai vadovavo direktorė Aušrelė Šatienė. Mokykloje tada mokėsi 36 mokiniai.
1997 m. tėvų pageidavimu Vilniaus apskrities viršininko administracija įsteigė vidurinės mokyklos klases. 2015 m. Bezdonių vidurinė mokykla buvo panaikinta.
Nuo 2006 m. gruodžio mėnesio Bezdonių „Saulėtekio“ pagrindinei mokyklai vadovauti pradėjo ir iki šiol vadovauja direktorius Algimantas Baranauskas. 2008 m. rugsėjo 1 d. prie mokyklos buvo prijungti Mostiškių ir Buivydžių pradinio ugdymo skyriai. Nuo 2009 m. rugsėjo 1 d. Mostiškių pradinio ugdymo skyrius buvo uždarytas. Nuo 2013 m. rugsėjo 1 d. buvo uždarytas ir Buivydžių pradinio ugdymo skyrius.
2018 m. Vilniaus rajono savivaldybės lėšomis buvo pradėta mokyklos renovacija ir 2019 m. vasario 26 dieną ji buvo baigta. Naujame mokyklos priestate įsikūrė 7 kabinetai / klasės, mokyklos valgykla, sporto / aktų salė, dušai, rūbinės ir administracijos kabinetai. Nuo 2019 m. mokykloje pradėjo veikti ir priešmokyklinio ugdymo grupė. 2021 m. mokykla įsigijo mokyklinį autobusą, kurio atsiradimas paįvairino mokinių ugdymą ir savišvietą.
Mokykla turi savo himną, ženklą, vėliavą, kurios pagaminimą finansavo tuomet Amerikoje gyvenusi ir į Lietuvą sugrįžusi a. a. Eugenija Bulotienė.
